Le centre Jean-Mabillon (Équipe d'Accueil n° 3624) incarne la dimension collective, interdisciplinaire et internationale des activités de recherche dans le domaine des sciences historiques telles qu'elles sont enseignées à l'École nationale des chartes, établissement de rattachement du centre.

Il a pris la suite, en septembre 2012, de l'Équipe « Histoire, mémoire, patrimoine » et rappelle par son intitulé sa volonté de prolonger le travail des érudits de l'époque moderne et de transmettre et approfondir leurs méthodes de critique historique.